El equipo del CIQ es un cromatógrafo modelo 1290 Infinity II acoplado a un espectrómetro QTOF 6545, ambos de la marca Agilent y software MassHunter para procesamiento de datos de análisis cualitativo, cuantitativo, estadístico, se cuenta también con la librería Medline PCDL para metabolómica y pesticidas. Las formas de ionización disponibles son ESI y APCI en modo positivo y negativo. Se puede trabajar con métodos UPLC y detectar masas exactas con gran sensibilidad y exactitud.